Санкт-Петербург — родина семьи Рерихов, чей творческий путь начался на берегах Невы. В этом городе родились Николай Константинович и Елена Ивановна Рерихи, а также их сыновья Юрий и Святослав. Здесь, в стенах Императорского Общества поощрения художеств, они впервые обрели общий дом. После многолетних странствий по миру — от Америки до Центральной Азии — только старший сын, Юрий Николаевич, смог вернуться в СССР в 1957 году и начать подготовку к созданию музея в Ленинграде, как завещали родители.
Основу будущего Музея-института семьи Рерихов составили подлинные вещи, документы и произведения, сохранённые семьёй Митусовых — близкими родственниками и друзьями Рерихов. Несмотря на репрессии, блокаду и утраты, наследие удалось частично уберечь, а в 2001 году — в год столетия брака Рерихов — музей был официально учреждён в Петербурге. Его основательницей стала Людмила Степановна Митусова.
С 2003 года Музей-институт располагается в историческом особняке Михаила Петровича Боткина — художника, коллекционера и коллеги Николая Рериха по ИОПХ. Дом, построенный ещё в 1720-х годах и перестроенный в XIX веке, сам по себе является памятником петербургской культуры. Здесь, в атмосфере «дома-музея», возрождается преемственность рериховского наследия — многогранного, духовного и глубоко связанного с историей Санкт-Петербурга.