С именем В.В. Докучаева связано возникновение учения о почве как о самостоятельном естественном историческом теле, имеющем особое происхождение, собственные свойства и строго определенное пространственное положение.
Придавая важное значение широкому распространению именно такого представления о почве, выдающийся натуралист, В.В. Докучаев, неустанно добивался организации первого в мире центра научной пропаганды почвоведения — музея, как средоточия всех форм пропаганды знаний о почве. С 1879 г. он прилагал большие усилия к основанию почвенного учреждения, обращаясь в различные инстанции, добиваясь общественной поддержки идеи создания музея. В.В. Докучаев, посвятив многие годы исследованию почв и природных условий страны, в значительной степени содействуя разрешению крупных практических задач, считал необходимым положить в основу земледелия широкое естественно-историческое изучение всех «главных полос» России.
Первыми экспонатами первого в мире почвенного музея стали коллекции В.В. Докучаева, экспонировавшиеся в городах России, а также в Париже, Чикаго, и сыгравшие выдающуюся роль в пропаганде генетического почвоведения в странах Европы и Америки.
В центральном разделе экспозиции музея раскрывались условия формирования почвы, как самостоятельного природного тела, а в остальных разделах рассматривались почвы природных зон преимущественно Европейской части России. В них был выдержан единообразный метод показа экспонатов. На первом плане демонстрировался небольшой монолит наиболее типичной для той или иной зоны почвы; на втором -выставлены насыпные образцы других почв, распространенных в этой зоне.
Уже в первые годы своего существования музей превратился в крупный научный центр почвоведения. Начиная с первой программы, разработанной В.В. Докучаевым, деятельность этого учреждения была связана с настоящим и будущим науки, с возрастающей ролью почвоведения в развитии сельскохозяйственного производства и жизни общества в целом.
В основу распределения экспозиционного материала в почвенно-географическом отделе был положен географический принцип, позволяющий выявить связь почвообразовательных процессов с физико-географическими условиями. В каждой зоне, начиная от тундровой и кончая зоной пустынь, а также в горных областях, предполагалось осуществить показ природных условий, стадий почвообразовательного процесса, типов и разностей почв, вариантов почвенного покрова отдельных областей зоны в связи с элементами ландшафта, рационального хозяйственного использования почвенного покрова области с учетом специфики естественно-исторических условий территории и свойств почв.
Центральная экспозиция была отведена художественно оформленному популярному изложению перспектив развития сельскохозяйственного производства страны, пропаганде прикладных исследований почвоведения.